Ziel des Bayerischen Hafen-Forums ist es, die Handelsbeziehungen der bayerischen Wirtschaft zu fördern, insbesondere entlang des Verkehrsweges Donau, Main-Donau-Kanal, Rhein und der Seehäfen mit Schwerpunkt Verbesserung und Ausbau der Ost-West-Handelsbeziehungen und der Gestaltung des EU-Binnenmarktes.
Dabei ist verstärkt der Bedeutung Wasserstraße Donau unter ökologischen und wirtschaftlichen Gesichtspunkten, unter besonderer Berücksichtigung der Donauhäfen Rechnung zu tragen; auch durch Unterstützung infrastruktureller, organisatorischer und werblicher Maßnahmen.
Gleichfalls dient der Verein der Pflege kultureller und völkerverbindender Kontakte entlang der Wasserstraße Donau.
Der Verein soll seinen Mitgliedern darüber hinaus Wissen und Kontakte zum Aufbau und der Nutzung der Standortvorteile im Bereich der vorstehend genannten Binnengewässer vermitteln.